所謂real-time Q-PCR技術，是指在PCR反應體系中加入熒光基因，利用熒光信號累積實時監(jiān)測整個PCR進程，后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。在 real-time 技術的發(fā)展過程中，兩個重要的發(fā)現起著關鍵的作用:(1)在90年代早期，TaqSNA多聚酶的5′核酸外切酶活性的發(fā)現，它能降解特異性熒光記探針，因此使得間接的檢測PCR產物成為可能。(2)此后熒光雙標記探針的運用使在一密閉的反應管中能實時地監(jiān)測反應全過程。這兩個發(fā)現的結合以及相應的儀器和試劑的商品化發(fā)展導致real-time Q-PCR方法在研究工作中的運用。

PCR反應過程中產生的DNA拷貝數是呈指數方式增加的，隨著反應循環(huán)數的增加，終PCR反應不再以指數方式生成模板，從而進入 平臺期。在傳統(tǒng)的PCR 中，常用凝膠電泳分離并用熒光染色來檢測PCR反應的終擴增產物，因此用此中點法對PCR產物定量存在不可靠之處。在real-time Q-PCR中，對整個PCR反應擴增過程進行了實時的監(jiān)測和連續(xù)地分析擴增相關的熒光信號，隨著反應時間的進行，監(jiān)測到的熒光信號的變化可以繪制成一條曲 線。在PCR反應早期，產生熒光的水平不能與背景明顯地區(qū)別，而后熒光的產生進入指數期、線性期和終的平臺期，因此可以在PCR反應處于指數期的某一點 上來檢測PCR產物的量，并且由此來推斷模板初的含量。為了便于對所檢測樣本進行比較，在real-time Q-PCR反應的指數期，首先需設定一定熒光信號的域值，一般這個域值(threshold)是以PCR反應的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號 ，熒光域值的缺省設置是3~15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍。如果檢測到熒光信號超過域值被認為是真正的信號，它可用于定義 樣本的域值循環(huán)數(Ct)。Ct值的含義是:每個反應管內的熒光信號達到設定的域值時所經歷的循環(huán)數。研究表明，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的 對數存在線性關系，起始拷貝數越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，因此只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣 品的起始拷貝數。