熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)，實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價(jià)太大了，一般的實(shí)驗(yàn)室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。
         普通的基因擴(kuò)增儀（PCR儀）只能夠定性地分析是否存在目標(biāo)片段。但是價(jià)格要低很多，而且運(yùn)行成本也要低很多。不過不能直接得到擴(kuò)增結(jié)果，還需要做電泳檢測。實(shí)際中檢測遺傳疾病，品種分子標(biāo)記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成。
但是，某些需要定量的實(shí)驗(yàn)就必須用到實(shí)時(shí)定量PCR了。比如檢測某些病原物的數(shù)量（血液乙肝病毒復(fù)制程度），特定基因的表達(dá)量（比如結(jié)合反轉(zhuǎn)錄做的RNA定量分析），某些基因在染色體組中拷貝數(shù)（以前往往使用southern blot技術(shù)）等等。熒光定量PRC一般不需要對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實(shí)在是貴。
           簡單來說，看有沒有用普通PCR儀，看有多少用熒光定量PCR 。基因擴(kuò)增儀只能擴(kuò)增，不能檢測，便宜。熒光定量PCR儀除了擴(kuò)增，還能在擴(kuò)增的同時(shí)檢測DNA發(fā)出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。